Western Blot常用数据库网站介绍

Western Blot是一项入门实验,但是想要做好并没有那么容易。

我们曾经讲过《WB无条带自查大法》,WB实验中最常出现的问题当属无条带,但并不是每一次无条带都是抗体的问题,样本、实验方法都可能导致失败。如何解决无条带的问题?

第一式——查抗体、第二式——查样本、第三式——查说明书、第四式——方法互证、第五式——实验操作自查,感兴趣的老师可以阅读。

不少研究者可能总是将注意力集中在抗体和实验操作上,常常忽略自身样本的原因,其实呢,样本制备也是需要尤为注意的。好的开始是成功的一般,磨刀不误砍柴工,不要等到做过实验了才发现做错了。

今天我们来详细讲讲动手之前你要做的事——查样本


首先请先回答一下以下问题:

确定您所用的细胞/组织中表达您的靶标蛋白么?

表达丰度如何?

是否在WB的检测范围内?(目前认为WB的有小检测下线为0.1-1ng

靶蛋白的亚细胞定位是哪里?靶蛋白分子量是多少?

是否需要特殊刺激才会表达?

是否在疾病组织或细胞中才会有表达?

是否有多种异构体?

是否有多种翻译后修饰形式?


什么?不知道?那恐怕要走很多弯路了。来看看你是不是锦鲤体质吧,不然你可能要费时费力费经费了。


查阅相关文献,这是实验之前必须要做的事情,NCBIwww.ncbi.nlm.nih.gov应该不需要多介绍了吧,不了解的小伙伴赶紧了解起来。除此以外还有很多网络工具帮助您了解您的靶蛋白。



01
该蛋白在什么组织中表达?

www.biogps.org 通过mRNA表达水平给您参考估计不同样本中目的蛋白的表达水平;样本种属可以选择人、小鼠、大鼠等。还可以链接其他的数据库;



www.proteinatlas.org简称HPA数据库,提供人类蛋白质在组织和细胞的分布,并用免疫组化技术。这是一个大规模蛋白质研究项目,主要目的是绘制人体组织和细胞中表达基因编码的蛋白位置。不过这个网站只针对人类蛋白质。




02
该蛋白在什么组织中表达

www.uniprot.org 了解目的蛋白的基因名、别名、功能、可变剪切体、蛋白表达位置、可修饰类型等;



亚细胞结构:


可变剪切体:


翻译后修饰情况:


www.phosphositeplus.org 是蛋白质翻译后修饰权威数据库,查阅修饰类蛋白的表达条件和丰度、刺激方式等;




03
该蛋白的具体信息

web.Expasy.org主要包括蛋白质序列,构造及2-D PAGE (Two-dimentional polyacrylamide gel electrophoresis ) 的多个重要资料库,以及蛋白质序列和构造工具,FTP Server 和相关讯息。



04
该蛋白的实验图

openi.nlm.nih.gov

Openi是美国国立卫生研究院开发的科研图片数据库,其搜索出来的结果全部与生物医学相关。我们输入关键词NF-κB,点击搜索。可以看到与NF-κB相关的免疫组化、免疫印迹、荧光染色和信号通路图等。


PMC Imageswww.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/

PMC Images 也是美国国立卫生研究院旗下的图片数据库。以前的PMC Images没有独立的查询网站,其搜索结果伴随着Pubmed的检索而出现。现在可以通过登录https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/直接进入PMC Images搜索页面。




05
有无该蛋白的抗体

www.citeab.com

CiteAb是国际知名的抗体搜索引擎,用抗体的引用数量(citations)来进行抗体排名,确保抗体排名完全透明公正该平台目前包括来自159个供应商的370多万抗体,引用数量为140多万。



科研之路任重而道远,谨慎而细微。

实验者首先要对自己的实验有总体的把握,有清晰的思路,有详尽的准备,才可能得到一个漂亮的结果,否则只是重复一次又一次的失败,最后在失败中寻找偶然的成功。


希望这些网站帮助您更好地完成实验,如需要更多网站信息,更多详细操作和解读,可联系我们。



创建时间:2022-12-20 12:18
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